由於一代健保並未將經常性薪資以外的所得納入保費費基，二代健保實施後，一般民眾（保險對象）及雇主（投保單位）除了負擔原有的保費外，在符合特定條件時，一般民眾或雇主須另計收補充保費。簡言之：

二代健保保費 = 一般保費 + 補充保費

自2016年1月1日起，二代健保保費計費公式有四項重大的改變：